用人单位不能强迫员工加班，更无权克扣工资。而作为劳动者在一般情况下有拒绝加班的权利，若是因此用人单位就扣劳动者工资的话，自然单位的行为也是不合法的。这个时候可以通过一些法律途径来维护自身的合法权益。
一、员工拒绝加班扣工资合法吗
不合法。
用人单位不能强迫员工加班，更无权克扣工资。用人单位安排员工加班，必须事先与员工及工会进行协商。如用人单位事先未与员工及工会协商或者用人单位安排的加班违反了劳动法律法规的有关规定，员工有权拒绝加班。
同时有以下情况的不得安排员工加班：
(一)妊娠期的女员工，不应延长其劳动时间。
(二)女员工怀孕7个月以上，用人单位不能安排她们加班。
(三)女员工在哺乳期内，用人单位不能安排她们加班;哺乳期指的是女员工在哺乳未满一周岁的婴儿期间。
但在特殊条件，单位要求加班员工不能拒绝：
(一)发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁员工生命健康和财产安全，需要紧急处理的。
(二)生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的。
(三)法律、行政法规规定的其他情形。发生以上情形，员工不能拒绝加班。
二、加班后该怎么算加班工资
1.计算基数
根据《劳动法》第44条的规定加班工资是以工资作为计算基数的，所以要了解加班工资的计算基数首先要了解工资是由哪几部分构成的。
《关于工资总额组成的规定》第4条规定“第四条工资总额由下列六个部分组成：(一)计时工资;(二)计件工资;(三)奖金;(四)津贴和补贴;(五)加班加点工资;(六)特殊情况下支付的工资。”
根据这个规定工资的基数应该包括各种形式的工资、奖金和补贴，比如基本工资，岗位工资，级别工资、超产奖、年终奖、全勤奖以及饭贴和交通补贴等项目。计算加班工资的时候这些项目都应该累加起来。
2.计算加班工资的时间标准
加班工资都是以小时作为计算单位来计算的，因此要计算加班工资首先要算出小时工资。自2008年1月3日起，月标准工作天数为21.75。
具体计算公式为
月工资性收入÷21.75÷8小时×加班小时数×150%(或者200%或者300%)
用人单位若需要安排员工加班，首先需要与员工协商，经过员工的同意之后才能做出安排，一般情况下员工可以拒绝单位加班要求，但是特殊情况则例外。若是员工拒绝加班，单位也不能以此为借口扣工资，甚至解除与员工的劳动合同，这些行为都是违法的。
